Для автоматического обновления файла выгрузки нам нужно создать агента автоматической выгрузки. Для этого откройте контекстное меню у соотвествующего профиля выгрузки и нажмите "Создать агента"

Далее откроется окно с вводом интервала агента, укажите с каким периодом в часах будет происходить автоматическая выгрузка:

Если вы хотите выполнять выгрузку на cron необходимо по мимо этой настройки перевести запуск агентов по cron согласно инструкции от 1с-Битрикс. На большинстве проектов данный перевод уже выполнен, т.к. является рекомендуемым.