Для автоматического обновления файла выгрузки нам нужно создать агента автоматической выгрузки. Для этого откройте контекстное меню у соотвествующего профиля выгрузки и нажмите "Создать агента"
Далее откроется окно с вводом интервала агента, укажите с каким периодом в часах будет происходить автоматическая выгрузка:
Если вы хотите выполнять выгрузку на cron необходимо по мимо этой настройки перевести запуск агентов по cron согласно
инструкции от 1с-Битрикс. На большинстве проектов данный перевод уже выполнен, т.к. является рекомендуемым.